Permite conocer el conjunto monumental de Abellaneda. EL Museo se encuentra enclavado en la antigua Casa de Juntas de Abellaneda, conjunto monumental comprendido por la Casa de Juntas (en la actualidad una torre), la Casa del Corregidor (acoge las oficinas), la ermita del Ángel y la Hospedería de los Junteros. Junto a ella también podemos encontrar restos de la antigua calzada romana (los restos son más bien del siglo XIX pero siguiendo el trazado de la romana), la casa-torre de Abellaneda, la iglesia de San Bartolomé, el Palacio Loizaga y varios caseríos.
En el Museo de Las Encartaciones existen diez salas que repasan, desde la prehistoria hasta finales del Antiguo Régimen la historia de Las Encartaciones. Cada sala presenta planos, maquetas, reproducciones y piezas originales de diferentes tipos (esculturas religiosas, libros, elementos etnográficos, etc…). Las reproducciones son de diverso tipo y representan distintas épocas. No obstante, la mayoría son del período prehistórico, Romanización y Alta y Baja Edad Media pues la mayoría de las piezas se encuentran en el Museo Vasco de Bilbao. También disponemos de algunas piezas cedidas por dicho Museo.
